Kabupaten Kapuas Hulu memiliki empat pesantren yang melakukan aktifitas pembina para santri dari berbagai Kecamatan di Kabupaten Kapuas Hulu. Pesantren tersebut adalah pesantren Hidayatul Mujatahidin Perbatasan di Kecamatan Badau, Al Jihad di Tepuai Kecamatan Hulu Gurung, Ulil Albab Kecamatan Boyan Tanjung dan Syahrunnur di Kecamatan Mentebah.

Kepala Kementerian Agama Kabupaten Kapuas Hulu, Khusayri Husman mengatakan, perkembangan pesantren di Kabupaten Kapuas Hulu tersebut belum maksimal. Masih ada kekurangan dari sisi sarana-prasarana termasuk sumber daya manusia.

Pesantren yang ada di Kabupaten Kapuas Hulu, berbeda dengan pesanten yang ada di Kepulauan Jawa. Pesantren di Pulau Jawa, semua kebutuhannya lengkap, mulai dari SDM, sarana dan prasananya juga memadai. Oleh sebab itu masyarakat antusias untuk ke pesantren.

Kondisi pesantren yang ada di Kabupaten Kapuas Hulu kurang berkembang. Padahal Pemerintah Kabupaten Kapuas Hulu sudah lumayan banyak memberi dukungan dalam pembinaan pesantren disini.

Kepala Seksi Pendidikan Diniah dan Pondok Pesantren Kementrian Agama Kabupaten Kapuas Hulu, Arjuto, mengatakan Pesantren yang ada di Kabupaten Kapuas Hulu memang kurang dari segi dukungan SDM, termasuk kesejahteraan Ustadnya. Jika mengharap dana SPP santri tentu tidak cukup.

Dari sisi kultur masyarakat di Kabupaten Kapuas Hulu terhadap Pesantren, berbeda dengan kultur masyarakat di Pulau Jawa. Masyarakat di Kabupaten Kapuas Hulu lebih mencari yang praktis. Apabila ada lembaga pendidikan sudah merangkum pelajaran agama, para orang tua murid sudah merasa cukup dan tidak perlu lagi memasukkan anaknya ke Pesantren.