Pencemaran air sungai Kapuas pada umumnya tidak terlalu berat, bentuk pencemaran ini biasanya berasal dari pembuangan sampah rumah tangga dan juga berasal dari kegiatan penambangan emas masyarakat secara tradisional yang tidak terlalu membahayakan kehidupan hayati di dalam air.
Bentuk pencemaran lainnya terjadi karena terjadi pengikisan lapisan tanah pada daerah aliran sungai sewaktu musim hujan yang menyebabkan air menjadi sangat keruh. Selain itu, hal tersebut juga mengakibatkan terjadinya endapan-endapan lumpur dan pasir di sungai sehingga terjadi pendangkalan sungai.
Daerah Penggenangan
Banyaknya aliran sungai yang ada di Kabupaten Kapuas Hulu, berakibat adanya beberapa kawasan yang rawan terhadap genangan dan banjir musiman, di dataran berawa aliran sungai kapuas daerah penggenangan merupakan bahaya utama karena daerah ini merupakan dataran endapan. Banjir yang terjadi di daerah ini minimal setahun sekali yang mengakibatkan terganggunya serta memusnahkan kegiatan pertanian penduduk terutama yang terletak pada dataran rawan banjir, disamping itu dapat juga mengganggu jalur transportasi teruma jalur lalu lintas di Ibu Kota Kabupaten serta terkadang dapat menelan korban jiwa.
Banjir yang terjadi Kabupaten Kapuas Hulu khususnya di Kota Putussibau disebabkan akibat adanya pertemuan antara sungai Kapuas dengan sungai Sibau, bila curah hujan di daerah perhuluan meningkat maka debit air menjadi meningkat akibatnya kedua sungai tersebut menjadi meluap sehingga genangan air di Kota Putussibau dan sekitarnya menjadi tertahan 2 hingga 5 hari. Menurut data yang ada beberapa tahun terakhir ini waktu dan frekuensi banjir semakin meningkat hal ini disebabkan meningkatnya aktifitas penebangan hutan di daerah hulu serta pendangkalan sungai yang semakin intensif.
