Pola Drainase Kabupaten Kapuas Hulu didominasi oleh Sungai Kapuas yang mengalir dari wilayah pegunungan Kapuas Hulu sampai di bagian timur Kalimantan Barat. Sungai ini merupakan sungai yang terpanjang di Indonesia dan memiliki puluhan anak sungai yang berada di Kabupaten Kapuas Hulu diantaranya adalah Sungai Embaloh dengan panjang ± 168 Km yang berhulu di pegunungan Kapuas Hulu di Bagian Utara, Sungai Manday sepanjang sekitar 140 Km, yang mengalir dari pegunungan muller. Selain sungai tersebut, terdapat delapan anak sungai yang sangat penting peranannya  dalam memenuhi kebutuhan transportasi barang dan penumpang dari Ibu Kota Kabupaten ke Kota-Kota Kecamatan di daerah pedalaman dan sebaliknya.

Pola perairan di Kabupaten Kapuas Hulu juga diwarnai dengan banyaknya Danau Depresi di daerah-daerah pelembaban (basin) dan Danau Oxbow di daerah– daerah  meander sungai. Danau-Danau ini merupakan sumber penghasilan ikan yang cukup potensial di beberapa wilayah Kecamatan seperti Kecamatan Selimbau, Semitau, Batang Lupar, Embaloh HiLir, Bunut Hilir, Jongkong dan Badau. Keberadaan danau tersebut sangat membantu penduduk dalam memenuhi kebutuhan hidup sehari-hari.